まずroot権限に。
#su -

次にmysqlをkillする。
# killall mysqld

セーフモードでmysqlにログイン
# /usr/local/mysql/bin/safe_mysqld --user=root --skip-grant-tables & mysql mysql

もしくは
# /usr/bin/mysqld_safe --user=root --skip-grant-tables & mysql mysql

これでmysqlにログインできるのでパスワードを初期化
mysql> update user set Password?=null where Host='localhost' and User='root';
mysql> exit

最後にパスワードを再設定
#mysqladmin --user=root password 新しいパスワード

以上で再設定完了。