HDDからHDDへの丸コピーにDDコマンドが便利でした。

dd if=/dev/hda of=/dev/hdb　#HDD → HDD コピー

CoLinux上のUbuntuでHDDの容量拡張を行った際のコマンドです。

$>dd if=/dev/cobd0 of=/dev/cobd1　　#cobd0 → cobd1 にコピー
$>e2fsck -f /dev/cobd2　　　　# ファイルシステムをチェック

ブートセクタもきれいにコピーされます。
ddコマンドを使う方がrsyncやTarでファイルを運ぶより楽でした。
またLiveCDで起動した場合だとWindowsのシステムをそのままバックアップコピー作成が可能です。